Antes de la creación de las aldeas ninja, los ninja estaban organizados en pequeños clanes mercenarios que eran contratados para la batalla. De los innumerables clanes ninja, el clan Uchiha y el clan Senju eran los más fuertes. Después de mucho derramamiento de sangre, el clan Senju le ofreció una tregua a los Uchiha. El líder de los Uchiha, Madara Uchiha le dijo a Hashirama que para ganar su confianza debía suicidarse o matar a su hermano, Tobirama. Hashirama, sin dudar, escogió la opción de suicidarse pero Madara lo detiene argumentando que ya había visto sus agallas, así que los clanes se aliaron. Después de la alianza hicieron un pacto con el País del Fuego para crear una aldea ninja. Los Senju, Uchiha, y otros clanes se unieron para crear Konoha. Madara le puso el nombre a la aldea y Hashirama creó el nombre de Hokage para el líder de la aldea, el cual pensó que Madara era el más adecuado para ese puesto, a lo que Tobirama y el resto de aldeanos, incluido los miembros del Clan Uchiha, se negaron. Hashirama Senju, el líder de los Senju, usó sus habilidades de Elemento Madera para producir gran parte de la infraestructura del pueblo. Por esta razón fue seleccionado para ser el primer Hokage por los aldeanos.

Ante el temor de que los Senju, ahora en control de Konoha, opriman a sus antiguos rivales, los Uchiha, Madara trató de conseguir apoyo para derrotar a Hashirama. Los Uchiha no lo apoyaron, lo que le obligó a pelear contra Hashirama por sí mismo. Madara fue derrotado en última instancia, en lo que sería llamado el Valle del Fin y según parece allí el Uchiha murió. Después de la batalla, Konoha entró en posesión del Zorro Demonio de Nueve Colas. Para contener su poder, el pueblo comenzó su tendencia de sellar a la bestia dentro de los Uzumaki, un clan emparentado con los Senju y por lo tanto el resto de Konoha tenía estrechos vínculos con estos. Hashirama dio las otras bestias con cola en su poder a los otros pueblos que estaban creándose para promover la paz.