Una Profesión Ninja es la actividad que desarrollan los ninjas y kunoichis dentro de la estructura de cualquier país. Indistintamente de las ramas o la personalización del jugador, las profesiones otorgan un nuevo abanico de habilidades fuera de combate que se pueden mejorar según la experiencia y el desempeño. En algunos casos las Profesiones Ninja y las Ramas Ninja están ligadas, de tal modo que las habilidades adquiridas mediante la elección de una Rama Ninja pueden explotarse en una profesión.