Las Aldeas Ocultas Ninja están repartidas por todos los países del mundo y están consideradas como la fuerza militar de los mismos.
Cinco Grandes Aldeas Ninja
De entre todos los países destacan las cinco grandes naciones en las que se encuentran las cinco grandes aldeas ninja consideradas las aldeas más poderosas. Los líderes de estas aldeas están reconocidos con el título de Kage (Sombra) ya que gobiernan sobre miles de ninjas.
Aldeas Ninja
Existen otras Aldeas Ninja que no forman parte de las Cinco Grandes Naciones en las que se siguen protocolos similares. Estas aldeas también se rigen por el código ninja y tienen un líder que las guía.